Kisah ini dimulai dengan Keenan (Adipati Dolken), seorang remaja pria yang baru lulus SMA, yang selama enam tahun tinggal di Amsterdam bersama neneknya. Keenan memiliki bakat melukis yang sangat kuat, dan ia tidak punya cita-cita lain selain menjadi pelukis, tapi perjanjiannya dengan ayahnya memaksa ia meninggalkan Amsterdam dan kembali ke Indonesia untuk kuliah. Keenan diterima berkuliah di Bandung, di Fakultas Ekonomi.

Di sisi lain, ada Kugy (Maudy Ayunda), cewek unik cenderung eksentrik, yang juga akan berkuliah di universitas yang sama dengan Keenan. Sejak kecil, Kugy menggila-gilai dongeng. Tak hanya koleksi dan punya taman bacaan, ia juga senang menulis dongeng. Cita-citanya hanya satuyaitu ingin menjadi juru dongeng. Namun Kugy sadar bahwa penulis dongeng bukanlah profesi yang meyakinkan dan mudah diterima lingkungan. Tak ingin lepas dari dunia menulis, Kugy lantas meneruskan studinya di Fakultas Sastra.

Kugy dan Keenan dipertemukan lewat pasangan Eko dan Noni. Eko adalah sepupu Keenan, sementara Noni adalah sahabat Kugy sejak kecil. Terkecuali Noni, mereka semua hijrah dari Jakarta, lalu berkuliah di universitas yang sama di Bandung.Mereka berempat akhirnya bersahabat karib.

Lambat laun, Kugy dan Keenan, yang memang sudah saling mengagumi, mulai mengalami transformasi. Diam-diam, tanpa pernah berkesempatan untuk mengungkapkan, mereka saling jatuh cinta. Namun kondisi saat itu serba tidak memungkinkan. Kugy sudah punya kekasih, cowok mentereng bernama Joshua, alias Ojos (panggilan yang dengan semena-mena diciptakan oleh Kugy). Sementara Keenan saat itu dicomblangkan oleh Noni dan Eko dengan seorang kurator muda bernama Wanda.

Keenan akhirnya pergi ke Bali, meninggalkan bangku kuliahnya. Sementara Kugy meneruskan kuliahnya di Jurusan Sastra dan bekerja di sebuah biro iklan menjadi copywriter. Di Bali, Keenan bertemu dengan Luhde (Elyzia Mulachela), keponakan dari Pak Wayan (Tyo Pakusadewo) – seorang pelukis yang menampung Keenan selama di Bali. Keenan yang sempat kehilangan percaya diri untuk melukis, akhirnya kembali semangat akibat dorongan Luhde. Di tempatnya bekerja, Kugy juga berangsur dekat dengan atasannya, Remigius (Reza Rahadian). Remi yang digila-gilai banyak perempuan malah jatuh cinta pada Kugy yang merupakan anak bawang di kantor.

Ketika hubungan Kugy dan Remi semakin serius, bersamaan dengan itu Keenan kembali ke Jakarta karena ayahnya jatuh sakit. Keenan terpaksa mengambil alih perusahaan ayahnya karena sudah tidak punya pilihan lain, dan kembali meninggalkan dunia lukisnya.

Pertemuan antara Kugy dan Keenan tidak terelakkan, dan lambat laun perasaan mereka yang memang tak pernah hilang kembali muncul. Masalahnya, Keenan sudah menjadi kekasih Luhde, dan Kugy juga menjadi kekasih Remi. Secara tak sengaja, Kugy bertemu dengan Luhde di Bali. Dan akhirnya diketahui, bahwa Remi adalah pembeli setia lukisan Keenan, dan mereka bersahabat baik. Ketika Kugy dan Keenan masing-masing mengetahui siapa pasangan mereka, keduanya kembali menjaga jarak sekalipun hati mereka hancur karena keduanya menyadari bahwa siapa sesungguhnya cinta sejati mereka.

Kisah cinta dan persahabatan selama lima tahun ini pun berakhir dengan kejutan bagi keduanya, bahwa akhirnya cinta mereka dipersatukan dengan cara yang sama sekali tidak mereka duga.

Lirik Lagu Maudy Ayunda Perahu Kertas Lyrics

Perahu kertasku kan melaju membawa surat cinta bagimu
Kata-kata yang sedikit gila, tapi ini adanya
Perahu kertas mengingatkanku betapa ajaibnya hidup ini
Mencari-cari tambatan hati, kau sahabatku sendiri
Hidupkan lagi mimpi-mimpi (cinta-cinta) cita-cita (cinta-cinta)
Yang lama ku pendam sendiri, berdua ku bisa percaya
Ku bahagia kau telah terlahir di dunia
Dan kau ada di antara milyaran manusia
Dan ku bisa dengan radarku menemukanmu
Tiada lagi yang mampu berdiri
Halangi rasaku, cintaku padamu
Ku bahagia kau telah terlahir di dunia
Dan kau ada di antara milyaran manusia
Dan ku bisa dengan radarku menemukanmu
Oh bahagia kau telah terlahir di dunia
Dan kau ada di antara milyaran manusia
Dan ku bisa dengan radarku menemukanmu